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改變腸道菌群有兩種途徑，即添加益生菌或益生元。益生元與益生菌都會影響腸道菌群的平衡，但影響的方式完全不同。益生元（Prebiotics）與益生菌（Probiotics）雖然只有一字之差，其實他們有本質上的區別：益生元作用于本已存在于腸內的菌群，而益生菌是外部添加的細菌。除了這點區別，還應該注意以下幾點：

1、成分上的不同

益生菌是有生物活性的細菌，益生元主要是無生物活性的糖類物質。

益生菌即有益菌，簡單來講，益生菌是指對人和動物有益的細菌，以雙歧桿菌為代表。益生菌通過調理腸道菌群，維持腸道菌群的平衡，從而促進營養物質的吸收、提高免疫力、預防和治療便秘及腹瀉、降低血脂、抑制腸道病源和腐敗微生物的生長，分解致癌物質等。人和動物體內有益的細菌或真菌主要有：雙歧桿菌、乳酸菌、酪酸梭菌、嗜酸乳桿菌、酵母菌等。

益生元主要是不能被宿主消化吸收的低聚糖類。通俗來講，益生元是不能直接被宿主消化吸收，而是維持益生菌的“養料”， 促進益生菌的生長繁殖，或者說是益生菌的專享食物。益生元能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌的生長繁殖。例如，異麥芽低聚糖，就是一種能夠促進腸道內雙歧桿菌等腸道益生菌生長的優質益生元。

2、作用方式不同

益生元是促進腸道有益菌的生長從而發揮間接作用，益生菌是直接作用。

益生元主要是低聚糖，是以未經消化的形式進入胃腸道，通過降低PH值，促進雙歧桿菌等益生菌的生長，間接地促進胃腸道健康和營養素的吸收。

益生菌是外源細菌，作用更直接。但是，它有較明顯的針對性，即針對不同的病因及體質，添加不同的菌種，如雙歧桿菌對胃腸道疾病有顯著功效等。

3、受胃酸環境的影響不同

在胃部強酸性的環境下，益生菌作為添加的外來細菌，其活性在一定程度上會受到胃酸的破壞，只有活著進入胃腸道的有益菌才能發揮功效；而益生元只是一種糖類，而不是生物，不存在存活率的問題。

4、免疫系統識別影響

免疫系統對于由外部而來的益生菌有識別的過程，當外部添加益生菌時，不同體質可能會產生不同的反應，而對于益生元來說則沒有這方面的問題。如果要長期調養腸胃的話，建議選擇不會產生免疫反應的益生元。

5、生產和保存工藝不同

益生菌菌株存活環境要求高，對生產和包裝工藝都有很高標準要求，益生菌的載體最好是片劑、膠囊和粉末。益生菌產品必須低溫冷藏保存，這樣才能最大限度地保持其中活性益生菌的數量。如乳酸制品中的益生菌，一般保質期在1個月內，冷藏溫度控制在2~10℃左右。而益生元的生產和保存的工藝則沒有這方面的嚴格要求。