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工農業的發展和家庭消費引起的有機無機污染廢棄物給環境帶來了相當大的破壞，而微生物可在一定程度上降解或轉化有機無機污染物，對土壤的生態健康和農業的可持續發展起到了一定的作用。

1、有機物污染

主要是有機農藥，大多為一些鹵代芳烴，最難降解的是一些氯化烴殺蟲劑。土壤中的一些微生物則具有降解這些有機農藥的功能。一些微生物可以把非芳環碳上的氯原子以氫原于取代，具有這種還原脫氯功能的微生物有酵母、普通變形菌、粘質沙雷氏菌等。

2、無機物污染

主要是一些重金屬的污染，如汞、砷、鉛、鉻和鎘等的污染，微生物對土壤中重金屬活性的影響主要體現在以下五個方面:

1)生物吸附和富集作用，微生物可通過帶電荷的細胞表面吸附重金屬離子，或通過攝取必要的營養元素主動吸收重金屬離子，將重金屬離子富集在細胞表面或內部;

2)溶解和沉淀作用，微生物對重金屬的溶解主要是通過各種代謝活動直接或間接地進行的。土壤微生物的代謝作用能產生多種低分子量的有機酸，如甲酸、乙酸、丙酸和丁酸等。真菌產生的有機酸大多為不揮發性酸，如檸檬酸、蘋果酸、延胡索酸、琥珀酸和乳酸等，且真菌可以通過分泌氨基酸、有機酸以及其它代謝產物溶解重金屬及含重金屬的礦物;

3)氧化還原作用，土壤中的一些重金屬元素可以多種價態存在，它們呈高價離子化合物存在時溶解度通常較小，不易遷移，而以低價離子形態存在時溶解度較大，易遷移，微生物可以氧化土壤中多種重金屬元素;

4)微生物對重金屬-有機絡合物的生物降解，重金屬可與土壤有機質形成穩定的絡合物，對重金屬在土壤中的化學行為產生深刻的影響;

5)菌根真菌與土壤重金屬的生物有效性關系，菌根真菌與植物根系共生可促進植物對養分的吸收和植物生長，菌根真菌也能借助有機酸的分泌活化某些重金屬離子，菌根真菌還能以其它形式如離子交換、分泌有機配體、激素等間接作用影響植物對重金屬的吸收。